公司规定实习生3个月后才发工资违法。依据《劳动合同法》，劳动者提供劳动即应获得相应工资，延迟发放损害了实习生的合法权益。不及时处理，公司可能面临法律诉讼和赔偿。
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处理此类问题，常见方式有协商、投诉、仲裁。首先尝试与公司协商；协商无果可向劳动监察部门投诉；仍无法解决则可申请劳动仲裁，根据仲裁结果采取进一步行动。
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公司延迟发工资违法。处理方式：1.与公司沟通，要求按时发工资；2.若沟通无果，收集证据向劳动监察投诉；3.投诉未解决，申请劳动仲裁，提交证据材料；4.根据仲裁结果，决定是否提起诉讼。